水性油墨屬于牛頓流體，所以油墨的穩定性較差，主要表現在以下三個方面。
①油墨顏料的沉淀。在使用前要對油墨桶中的油墨均勻攪拌，在印刷使用時還要經常對油墨槽中的油墨進行攪拌，防止由于油墨顏料的沉淀，造成印刷品顏色和標準有一定的差異。一個有效的方式是通過全封閉刮刀，使油墨在墨泵的運轉下始終處于攪拌和流動狀態。
②在儲存和使用中，由于油墨成分中的穩定劑揮發，造成出值降低(趨向于弱堿性)。在使用中水性油墨的穩定劑易揮發，以致油墨趨向于弱堿性，造成其表面張力增加，對印版表面的附著力反而下降，影響轉移性能和干燥速度(油墨越趨向于堿性，干爆速度加快)，這會造成印刷過程中印刷圖文殘缺不全，特別是印刷網線版時，由于油墨干燥過快，造成印刷網點丟失或者是網線版堵版。
③油墨在使用中由于水分的揮發，造成油墨的黏度增加，流動性能減弱。有些印刷設備的供墨方式是單刮刀系統，要求油墨具有一定的黏度和流動性，使其在一個比較合適的范圍內。當油墨在使用中過度和流動性超出印刷使用的要求時，就影響油墨的轉移性能，出現印刷品大實地表面印刷有“色差”。
